Bei dem sogenannten 'Gründungsbestand' der Bibliotheca Bipontina handelt es sich um die Bibliothek des Pfalzgrafen Karl I. von Pfalz-Birkenfeld (1560-1600), die, seinem Testament entsprechend, von allen seinen Nachfahren aus der wittelsbachischen Nebenlinie bis zur französischen Revolution erweitert und gepflegt wurde. Die Büchersammlung war bereits im 16. Jahrhundert öffentlich zugänglich und vorwiegend als Arbeitsbibliothek konzipiert. Sie spiegelt die streng lutherische Sozialisation Karls an den Brennpunkten der Entstehung des großen lutherischen Einigungswerkes, des Konkordienbuches (1580), wider und ist Zeugnis der konfessionellen Verteidigungsstrategien des lutherischen Teils der Vorderen Grafschaft Sponheim.

Der geschlossene Bestand verlebendigt mit der Vielfalt seiner thematischen Orientierung das Alltagsleben einer Hofhaltung des 16. Jahrhunderts. Er dokumentiert darüber hinaus die kulturellen und dynastischen Verbindungen der Zweibrücker Herzogsfamilie mit den bedeutendsten Fürstenhäusern Europas.

Die Bibliothek enthält eine kunsthistorisch bemerkenswerte Sammlung hervorragender Einbände und Goldschnittarbeiten beispielsweise des Renaissance-Buchbinders Jakob Krause sowie wertvolle Handschriften, Inkunabeln und Drucke des 16. und 17. Jahrhunderts. Provenienzeinträge und Kommentare des Bibliotheksgründers dokumentieren die Bestandsentwicklung genau und erlauben Rückschlüsse auf individuelle und zeittypische Gegebenheiten. Der überlieferte Nachlasskatalog dieser wittelsbachischen Büchersammlung (1603) verzeichnet rund 1.800 Titel, von denen über drei Viertel erhalten geblieben sind.

Der Gründungsbestand der Bibliotheca Bipontina wurde 2015 in das "Länderverzeichnis national wertvollen Kulturgutes" aufgenommen.

Einige der repräsentativen Goldschnittarbeiten der Sammlung sind in Band 6 der Schriften des Landesbibliothekszentrums dokumentiert: "ufm schnitt verguldet": Goldschnitte aus der herzoglichen Sammlung der Bibliotheca Bipontina in Zweibrücken. Von Sigrid Hubert-Reichling / Armin Schlechter / Jutta Schwan. Zweibrücken, 2010.